RNA Seq和微阵列的区别

什么是RNA测序

RNA序列 （RNA测序） 是一种确定样本中 RNA 分子序列的技术。 RNA Seq 涉及 cDNA 分子的高通量鸟枪法测序。 cDNA 是从 RNA 分子的逆转录中获得的。下一代测序涉及确定 cDNA 的序列。 RNA Seq 可以确定 RNA 序列及其相对丰度。

图 1：RNA 测序过程

RNA Seq 是一种高度可靠的技术，具有广泛的灵敏度。因此，它可以检测稀有和低丰度的 RNA 序列。 RNA Seq 的独特之处在于它能够识别新的 RNA 序列和剪接变体。

什么是微阵列

微阵列是一种广泛用于分析特定生物体基因表达的技术。它使用与样品中的 RNA 分子杂交的特定探针。单链探针附着在称为芯片的固体表面上，荧光标记的 RNA 样品与之杂交。基因组测序数据可用于设计探针。

图 2：微阵列过程

对于快速简便的实验，微阵列是基因表达分析中的最佳技术。但是，探针也必须以检测剪接变体的方式设计。

RNA Seq 和微阵列之间的相似性

定义

RNA Seq 是指一种基于测序的技术，用于检测样品中的 RNA 序列，而微阵列是指一种基于杂交的技术，用于检测样品中特定 RNA 序列的存在。

基于

RNA Seq 是一种基于测序的技术，而微阵列是一种使用现有探针完成的基于杂交的技术。

识别新序列

RNA Seq 可以识别样本中存在的新 RNA 序列，而微阵列只能识别已知序列。

灵敏度

RNA Seq 的灵敏度较高，而微阵列的灵敏度较低。

准确性

RNA Seq 数据的准确性较高，而微阵列数据的准确性较低。

SNP检测

RNA Seq 可以识别除 de novo SNP 之外的低丰度 RNA 的 SNP，而微阵列无法检测 SNP。

成本

由于该方法需要大量的生物信息学分析，RNA Seq 价格昂贵（300-1000 美元/样品），而微阵列更便宜（100-200 美元/样品）。

结论

RNA Seq 是一种基于测序的技术，用于确定转录组中存在的 RNA 序列，而微阵列使用特定探针来检测转录组中特定序列的存在。微阵列无法检测任何新的 RNA 序列以及丰度较低的 RNA 序列。但是，在 RNA Seq 中，可以识别样本中的所有 RNA 序列。因此，RNA Seq 和微阵列之间的主要区别在于检测类型。

参考：

1. Kukurba、Kimberly R. 和 Stephen B. Montgomery。 “RNA 测序和分析。”冷泉港协议 2015.11 (2015)：951-969。管理中心。网。 2018 年 7 月 3 日，在此处提供2。 Govindarajan、Rajeshwar 等。 “微阵列及其应用。”药学与生物相关科学杂志 4.Suppl 2 (2012)：S310–S312。管理中心。网。 2018 年 7 月 3 日，可在此处获取