基因组文库是如何产生的
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基因组文库是包含特定生物体总染色体 DNA 的两种类型的 DNA 文库之一。在基因组文库中,不同的 DNA 插入片段存储在一组相同的载体中。为了制备特定生物体的基因组文库,应从生物体中分离基因组 DNA。限制酶在特定 DNA 序列处消化基因组 DNA,产生基因组 DNA 片段。每个片段可能包含一个或两个基因。这些片段被插入到特定类型的载体中,并转化到宿主细菌中以制备 DNA 克隆。
涵盖的关键领域
1. 什么是基因组文库 – 定义,事实 2. 基因组文库是如何产生的 – 程序、滴度、筛选
关键词:基因组文库、滴度、限制性消化、筛选
什么是基因组文库
基因组文库是一组代表特定生物体 DNA 全部内容的 DNA 克隆。 DNA 克隆通过在微生物中的复制来繁殖。基因组文库允许研究人员从文库中分离出感兴趣的 DNA 片段以进行研究。基因组文库在全基因组测序中很重要。
基因组文库是如何产生的
下面描述了制备基因组文库所涉及的步骤。
- 基因组 DNA 提取和纯化
- 用特定的限制酶消化基因组 DNA——这可能会产生一组大小相似的 DNA 片段。每个片段可能包含基因组的一个或两个基因。
- DNA 片段被插入到特定类型的载体中 – 用相同的限制酶消化载体,然后将插入片段连接到载体中。载体的选择取决于基因组的大小。矢量容量如下所示。
表 1:载体容量
矢量类型 |
插入尺寸 |
质粒 |
10 KB |
λ噬菌体 |
20 KB |
粘粒 |
45 KB |
噬菌体P1 |
70-100 KB |
P1人工染色体(PAC) |
130-150 KB |
细菌人工染色体(BAC) |
120-300 KB |
酵母人工染色体 (YAC) |
250-2000 KB |
4. 转化为宿主——宿主在大多数情况下是细菌或酵母。特定 DNA 片段的克隆是在宿主复制过程中形成的。
图 1:基因组文库制备
确定文库的滴度
该文库的滴度使研究人员能够了解样品中有多少转化的宿主细胞。它是通过稀释转化的细胞并计算每体积的细胞数来完成的。
筛选库
筛选允许从文库中分离特定的 DNA 片段。它主要可以通过两种方式完成,一种是直接选择重组体,另一种是检测表达。直接选择可以通过PCR和菌落杂交来完成。
结论
基因组文库是代表特定生物体基因组中全部 DNA 含量的 DNA 片段的集合。它是通过将基因组的片段化 DNA 插入载体并将重组分子转化到宿主细胞中进行增殖而产生的。
参考:
1. Kumar, Chinnu S.“基因组图书馆”。 LinkedIn SlideShare,2015 年 10 月 4 日,可在此处获取。
图片提供:
1. Aluquette 的“基因组图书馆建设”——自己的作品 (CC BY-SA 3.0),来自 Commons Wikimedia